Aproximadamente, cien mil indígenas habitaban al Chocó cuando llegaron los españoles, empezando el siglo XVI. Estaban organizados en los grupos Noanamá, Baudó o Chocó, Cuna o Darién, y Citará, poblando los territorios de los ríos Atrato, San Juan y Baudó. La colonización española se inicia en el Chocó a través de dos frentes de conquista: al norte, por el Golfo de Urabá, penetrando por la desembocadura del río Atrato y al sur, desde Popayán, por los ríos Calima, Raposo y San Juan.
La valiente resistencia de los indios (al evitar su sometimiento), retrasó casi por un siglo, el establecimiento de la Colonia en el Chocó. Poblados enteros como Bocas del Toro, La Sed de Cristo y San Sebastián de Urabá fueron destruidos por los indios. Sin embargo, las excursiones españolas descubren las inmensas riquezas que albergan estas tierras, principalmente en lo referente al oro, que era el mayor interés de los colonizadores.
Al finalizar el siglo XVI, los conquistadores españoles lograron, por fin, empezar a establecer la Colonia, en el sur del Chocó. Para este efecto, fue decisiva la participación de los misioneros jesuitas, quienes lograron acercarse a los indígenas a través de interpretes, y pactar con ellos el fin de la resistencia.
Mientras en el sur del Chocó, la Colonia empezaba a establecerse, en el norte, los Cuna, Baudó y Citará continuaban su resistencia. Solo a mediados del siglo XVII fueron sometidos estos pueblos indígenas. Es entonces cuando, en 1654, los jesuitas fundan la población de Citará, que luego es destruida por los indígenas y que vuelve a ser fundada, tres décadas después con el nombre de San Francisco de Asís de Quibdó. Hacia 1670, los españoles saben a ciencia cierta del potencial de producción de oro y platino que hay en el Chocó. Igualmente tiene noticias acerca de la sobreabundancia de especies de flora y fauna. Por eso este territorio inicia a ser explotado y estudiado por Geógrafos y expertos en minería.
Para llevar a cabo la explotación minera, se requería de mano de obra buena, barata y abundante, pero, la población indígena diezmada, enferma, reacia a la sujeción o refugiada en las cabeceras de los ríos, no daba abasto para la producción. Por ello, finalizando el siglo XVI, cuando ya Cartagena de Indias estaba convertida en el principal puerto para el tráfico de esclavos en la Nueva Granada, los colonizadores españoles deciden traer esclavos negros al Chocó.
Los propietarios de minas en Popayán, Antioquia, Anserma, el Pacífico Sur y el Chocó, hacen las primeras solicitudes con este propósito, buscando proveerse de esta mano de obra fuerte y gratuita, que reemplace la casi extinta mano de obra indígena. Por lo tanto, se puede ubicar la primera entrada de esclavos africanos, negros, al Chocó, empezando el siglo XVII. Las cuadrillas de esclavos, que llegaron a conformar hasta cien y doscientos, empiezan entonces a explotar para los españoles las minas del Chocó.
El negocio de la trata esclavista cobra un auge inusitado. Los ricos de Popayán, de Cartago, de Antioquia y de la Costa Atlántica, encuentran en los ríos Atrato y San Juan las rutas naturales para la introducción de esclavos negros al Chocó. Finalizando el siglo XVII, mil negros aproximadamente, trabajan en las minas del Atrato y del san Juan, las cuales están alcanzando sus máximos niveles de producción. Nóvita, Sipí, Tadó y Quibdó son los centros administrativos de la explotación minera por parte de los colonizadores.